南通廢舊物資回收主要面臨以下4大稅收瓶頸：
1、回收企業難以取得增值稅進項抵扣，導致其稅負過重。
廢舊物資回收經營企業的原料來源主要包括兩大方面：一是從眾多的個體戶手中收購廢舊物資，這種回收方式約占回收總量的80%以上，這些個體人員不愿開具增值稅發票，即使開具也僅能適用3%的征收率，導致回收企業進項抵扣嚴重不足。二是從產廢企業購買廢舊物資，此種收購比例偏小，回收企業的進項抵扣依然存在巨大缺口。2008年增值稅優惠政策取消后，回收企業向生產企業銷售物資時，幾乎是按照銷售額全額繳納17%的增值稅，加上地方附加稅費，回收企業的稅負遠高于一般行業企業水平，企業的利潤空間大大壓縮，多數企業的回收業務出現虧損。
2、回收企業虛設交易環節，虛開發票。
由于進項稅額抵扣不足，導致廢舊物資回收經營企業的增值稅稅負較高，部分企業甚至采取了“買票”等違法行為，通過虛設交易環節，向開票方支付開票費用獲取增值稅專用發票以抵扣進項，但貨物實際并不存在。這種“票貨分離”的業務模式已經成為稅務機關查處涉稅違法行為的重點。
3、上下游企業涉嫌“虛開”，企業無法隔離違法風險。
由于增值稅存在于生產、銷售的各個環節，上游企業是否合法合規的開具增值稅專用發票、是否按期、足額繳納增值稅稅款直接影響到下游企業能否正常申報抵扣增值稅進項稅額及其抵扣行為是否會造成國家增值稅損失。在虛開案件中，有相當部分案件是由于上游企業出現虛開問題進而牽連到下游企業，輕者暫停發票、接受稅務檢查，影響企業的持續經營；重者可能移交公安機關以虛開發票刑事案件立案偵查。無論以上何種情形都將對企業的健康發展產生不良影響。
4、加工環節稅收優惠難以傳導到回收環節的正規企業，導致“劣幣驅逐良幣”。
目前，再生資源行業稅收優惠政策僅針對生產加工環節，政策設計的初衷是依靠加工環節的稅收優惠傳導到回收環節的正規企業。但是，由于回收環節存在眾多個體人員，這些個體人員不用繳納稅收，回收成本更低，他們抬高價格從產廢者手中收購廢舊物資，形成了“無票價”和 “帶票價”兩種價格體系，導致正規回收企業生存空間受到擠壓，不少企業紛紛停產或轉行。
